Respublikada həyata keçirilən struktur islahatları çərçivəsində, ətraf mühitin mühafizəsi və təbii ehtiyatlardan istifadənin ayrı-ayrı istiqamətləri ilə məşğul olan və fəaliyyətlərində bir-birini təkrarlayan Azərbaycan Respublikasının Dövlət Ekologiya və Təbiətdən İstifadəyə Nəzarət Komitəsi, Azərbaycan Respublikasının Dövlət Geologiya və Mineral Ehtiyatlar Komitəsi, Azərbaycan Respublikasının Dövlət Hidrometeorologiya Komitəsi və "Azərmeşə" İstehsalat Birliyi Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2001-ci il 23 may tarixli 485 nömrəli Fərmanı ilə ləğv edilmiş və Azərbaycan Respublikasının Dövlət Ekologiya və Təbiətdən İstifadəyə Nəzarət Komitəsinin və Azərbaycan Respublikasının Dövlət Geologiya və Mineral Ehtiyatlar Komitəsinin bazasında Azərbaycan Respublikasının Ekologiya və Təbii Sərvətlər Nazirliyi yaradılmışdır. Respublika Prezidentinin 2001-ci il 18 sentyabr tarixli 583 nömrəli Fərmanı ilə “Azərbaycan Respublikasının Ekologiya və Təbii Sərvətlər Nazirliyi haqqında Əsasnamə” təsdiq edilmişdir.
Əsasnaməyə görə Ekologiya və Təbii Sərvətlər Nazirliyi - Azərbaycan Respublikası ərazisində, o cümlədən Xəzər dənizinin (gölünün) Azərbaycan Respublikasına mənsub olan bölməsində ətraf mühitin qorunması, təbiətdən istifadənin təşkili, yeraltı sulardan, mineral xammal ehtiyatlarından və yerüstü təbii sərvətlərdən səmərəli istifadə edilməsi, onların bərpası, hidrometeoroloji proseslərin müşahidəsi və proqnozlaşdırılması sahəsində dövlət siyasətini həyata keçirən mərkəzi icra hakimiyyəti orqanıdır.